菌落计数分析仪的使用是体现菌落总数检验结果的准确性，直接影响这些产品卫生安全性评价的可靠性。
菌落计数2人分别使用菌落计数分析仪，以2人计数结果的平均值报告菌落数。通常认为不同稀释度间的误差及同稀释度两平行平板间的误差均不应超过10％~1，若其误差超过，其结果不可采用。
平板上的蔓延菌落一般不予计数。若有必要对其计数时，链状菌落如仅有1条链，可视为个菌落；如有不同来源的几条链，则应将每条链作为1个菌落计。若蔓延菌落不到平板的50％，而其余50％中菌落分布又很均匀，即可计算 50％的平板后乘2以代表全平板菌落数。
采取冷冻状态下进行平板菌落计数的方法是不正确的。必须严格按照样品的解冻条件要求，待样品*解冻后，再实施检验 ，此结果才能更客观地反映样品实际的污染程度。

目前公司研发两大系列菌落计数分析仪，分别是V系列和G系列。

V系列：是专为基层微生物实验室而设计，配备全封闭、仿自然光悬浮式暗视野系统，不受任何外界光干扰，确保对菌落的准确、快速、高效自动统计。有V1、V2和V3三种型号。

G系列：配备超高像素CCD、可变光比-宽光带-全封闭悬浮式暗视野，注册的colonfast智能菌落识别技术。具有分析、处理、测量、统计等强大功能，是高级研究、检测机构的选择。有G1和G6两种型号。

全自动菌落计数仪因其使用的自动化程度高、分析结果可核对、样品信息可留存等，已逐渐被越来越多的科研院所、卫生疾控部分所喜爱。