瓶装全自动饮料生产线内部无菌环境的建立和维持，在无菌水冲瓶、无菌物料灌装和封盖设备上，根据不同区域的洁净度要求，设置不同的空气正压，即洁净度要求高区域的空气压力大于洁净度要求低的区域，使可能有污染的空气不会进入高洁净度要求的无菌空间。
包装物的无菌处理。目前用于无菌灌装瓶子的杀菌方法有：喷淋法、喷雾法和灌注法。由于国内厂家较难将瓶子的初始染菌程度控制到较低的指标，所以选用杀菌可靠性较高的灌注法对瓶子内部进行灭菌处理，瓶身外部采取喷淋法冲洗杀菌，并在杀菌保持时间上留有充分的余地，可以确保达到商业灭菌要求。
目前用于无菌灌装的盖子杀菌方法有：喷冲法、喷雾法和紫外线照射法。选用杀菌可靠性较高的消毒液喷冲法对盖子进行灭菌处理，在杀菌保持时间上也留有充分的余地。
从事不同行业的工作，我们就要坚持不同的原则，这方面对我们更好的在行业之中，你总会有很大的帮助。人们使用瓶装全自动饮料生产线的过程中，它的运转也需要坚持适当的原则，所以直接影响到了终的使用。
原则一，使用瓶装全自动饮料生产线必须要确保无污染。饮料都是需要入口的东西，如果其本身存在很严重的污染情况，在经过食品卫生检查的过程中就会有很大的影响。真正的确保它处于无聊状态，这样对很多的公司生产来说才是大的保障。任何人都不需要有污染的设备，因为它会影响到整个公司在今后的发展情况。
原则二，瓶装全自动饮料生产线要保障使用安全。任何一个行业之中，安全问题都是非常关键的，如果我们没有更好的关注安全方面的情况，可能就会直接影响到总体上的工作效率，甚至还会影响到更多的方面。安全在任何时候都值得关注，如果在整个过程中，忽视掉了安全的具体情况，未来在使用的过程中也会造成大的影响。