用溶剂溶解的样品，多数组分在一定的时间内能*从柱中流出来，不会造成危害。有些样品可能含有微粒物质，样品中的某种组分在柱头上沉积下来，组分子在固定相上保留很强，溶剂带走柱填料等，都会造成液相色谱仪色谱柱柱效下降或降低寿命，有必要采取措施防止色谱柱性能下降。如在光线照射下观察样品是浑浊的火带有乳白色，进样前必须过滤。虽然流路上装有过滤器和保护柱，但不能代替样品的前处理，样品中过多的微粒进入分析柱，所以在进样前必须过滤样品。
若怀疑样品与流动相混合有沉淀而对检测仪器色谱柱有阻塞，应先实验一下，看样品溶液加入流动相中有无变浑或乳白色出现。如果进样后压力突然增加而后又慢慢减小，表明样品中有微粒或发生沉淀。如有沉淀要设法改变分离条件，包括换样品溶剂和流动相；或处理样品去掉不溶物质。
有些样品能很强地吸附在柱填料上，这样会降低塔板数，改变样品的保留时间、峰形，并且使得基线变差。除了用预处理的方法除去强保留物质外，还要加保护柱，定期清洗色谱柱。
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