微波消解萃取系统能够应用到消解、萃取、蛋白质水解等多种分析化学的样品的前处理工作中，另外微波有机合成也以其的应用优势将取代传统的合成方法。比如原子吸收光谱仪原子荧光光谱仪，电感耦合等离子体发射光谱仪电感耦合等离子体质谱联用仪液相色谱仪，气相色谱仪等分析仪器的样品制备，越来越多的实验室采用了微波样品处理系统来替代耗时、费力、污染严重的方法。
微波消解是高压高温条件密闭下进行的样品消化，优点是升温速度快、消化时间短。石墨消解仪是在高温条件下进行样品的消化，优点是处理样品量大、控温范围更为广泛，性价比高。石墨的特点是热惯性好，升温速度更快，孔间温差小，耐腐蚀好，使用寿命更长。
微波消解萃取系统的消解效果好，微波加热的同时采用高压密封罐，样品消解*，对于难容样品效果尤其明显，样品在密闭的消解罐中消解，大大减少了易挥发元素的损失。因此，使分析结果更准确，微波消解使用试剂少，减少了样品的空白值和背景。
整个消解过程在密闭条件下进行，酸试剂不会污染环境，有利于环境保护和人身健康，节能效果非常显著，相比传统方式节能80%左右，同批次处理样品的平行性、重复性好，避免了人为操作引起的误差
当微波加热还会出现过热现象，热量通过壁从外向内传递到试样，容易在炉壁表面形成气泡，不易过热，温度保持在沸点。因为气化吸收了很多热量。在微波场中，“加热”方法*不同，能量直接在系统内部转换。由于系统内部短到足以形成气泡的“中心”，所以对于一些沸点较低的试剂来说，在封闭容器中过热是非常简单的。结果表明，封闭样池中的试剂能提供较高的温度，有利于样品的消解。