Inertsil 色谱柱是离子色谱仪的核心部件之一，样品中各种离子的分离均在色谱柱中完成，并且一般比常规价格要贵很多。因此，其维护保养十分重要。
1、确保系统已清洗干净。色谱柱在任何情况下不能碰撞、弯曲或强烈震动；很多单位的离子色谱仪是阴、阳离子混用的，因此，接色谱柱前，一定要保证所有阀件或管路已清洗干净，避免造成堵塞。
2、确保不进入颗粒物。样品一定要经过预处理，去除颗粒物等会给泵和色谱柱带来负担的物质。
3、确保离子不干燥。每天分析工作结束后，要清洗进样阀中残留的样品，还要用适当的溶剂来清洗柱；若分析柱*不使用，要参照保存办法，在冲洗干净后，对阴离子柱要通入一定浓度的碱（对阳离子柱要通入一定浓度的酸），并取下两端密封保存。
4、确保在一定压力、流速条件下运行。仪器使用时一定要先检查整个流动管路中是否有气泡，如果有，需要先将气泡排除后再接上，防止将气泡带到色谱柱中。因为装填的树脂颗粒很小，气泡进入后将影响树脂和样品中离子的交换，同时气泡也将影响基线的稳定性。
下面我们就来谈谈Inertsil 色谱柱被样品或者杂质污染的解决办法
1、即便是干净的样品也会含有痕量或微量的非挥发或半挥发性物质。在反复的多次进样后，无论是干净的或是相对较脏的样品都会有非挥发性的杂质沉积在色谱柱的入口端内表面。
2、气相色谱柱的柱前几米对于样品是很重要的，在程序升温的分析过程中，样品谱带首先堆积在这一段上，所以大部分的保留也是在这一段产生。
3、柱内污染物的存在会导致一系列的问题：峰型变差，柱效降低，前后两次进样的峰面积再现性差，这都是由于污染物的存在，使固定相对样品的保留（吸附或吸收、不同所致。
4、半挥发性的杂质也会导致峰型变差，因为他们会聚集在柱头，干扰流动相和固定相之间的正常分配和样品谱带的结构。
5、用一个色谱柱测试液（醇类混合溶液、可以更深入的研究半挥发性杂质存在的影响。如果柱内吸附有半挥发性杂质或存在活性部位，醇类会有明显的拖尾，而且保留时间长的醇（较后流出、挥发性较低、的拖尾现象更加严重。但若经测试，醇类没有拖尾现象，则可认为色谱柱还未被污染。
6、即便在样品提取和准备时很仔细小心，但处理后的样品中仍会含有半挥发性或不挥发的杂质，即便其含量很小。但好的样品前处理方式和使用清洁的容器还是能减少进样带入系统的污染物。
7、可使用预柱来保护色谱柱，或在色谱柱前接一段1至5米长的未涂敷硅土柱，用以捕获那些半挥发性及非挥发性的杂质。
8、将Inertsil 色谱柱的进样端截去0.5至1米，通常也会解决或者部分的解决这个问题。