ultra液相色谱柱通常分为正相柱和反相柱。正相柱大多以硅胶为柱，或是在硅胶表面键合-CN,-NH3等官能团的键合相硅胶柱；反相柱填料主要以硅胶为基质，正确地选择它，可以给我们带来很大的便利。
选择的方法和条件：
①填料基质
a.硅胶基质：纯度高本钱低，强度大，化学修饰轻易，但pH值范围有限。大多硅胶基质填料在pH2-8之间稳定，但经过特殊修饰的硅胶键合相可以稳定在pH1.5-10。
b.聚合物基质：应用pH值范围宽，温度稳定(高温可以达到80度以上)，机械强度小。
②颗粒外形
大多现代HPLC填料都是球形颗粒，但有时是不规则的颗粒。球形颗粒提供较低的柱压、较高的柱效和稳定性以及较长的ultra液相色谱柱寿命在使用高粘度的活动相时;不规则颗粒有较大比表面积和相对低廉的价格。
③颗粒粒径
粒径越小柱效越高、分离度越高，但同时会导致较高柱压降。选择1.5-3μm的填料以解决一些复杂样品,UPLC可以使用1.5μm的填料;另外10μm或更大粒径的填料用作半制备或制备柱。
④含碳量
含碳量指的是硅胶表面键合相的比例，与比表面积和键合覆盖度等有关。高含碳量进步柱容量、分辨率及分析时间，用于要求高分离度的复杂样品;低含碳量分析时间短、展现不同的选择性，用于快速分析简单样品及需要高含水活动相条件的样品。一般C18的含碳量在7-19%不等。
⑤孔径和比表面积
HPLC吸附介质是多孔的颗粒，尽大多数的反应表面于孔内。因此，分子必须进进孔内才能被吸附和分离。
孔径和比表面积是相辅相成的两个概念。孔径小比表面积大，反之亦然。比表面积大，增加样品与键合相之间的反应，增加保存,上样量和复杂成分的分离度;比表面积小，平衡时间快，适合梯度分析。
⑥孔容和机械强度
ultra液相色谱柱孔容，又称“孔体积”。指单位颗粒的空隙体积大小。它能很好的反应填料的机械强度。孔体积大的填料相对孔体积小的填料机械强度要略弱。孔体积为1.5mL/g或更小的填料大多用于HPLC分离，而孔体积大于1.5mL/g的填料使用于尺寸排阻色谱和低压色谱。