《方案》提出了积极稳步推进“平急两用”公共基础设施建设、推进城乡环境卫生清理整治行动、补齐城乡垃圾污水治理短板、开展医疗卫生机构环境整治、完善医疗卫生服务体系、创新城乡社会健康治理模式等六项工作任务。
其中，针对污水处理，《方案》明确，推进城镇污水管网全覆盖，加快建设完善城中村、老旧城区、城乡结合部、建制镇生活污水收集管网，加快修复更新老旧管网，因地制宜稳步推进雨污分流改造。加快现有污水处理设施提标升级、扩能改造，提升建制镇处理设施建设和运营水平，推动处理能力向乡村延伸。积极推进污水资源化利用，开展污水处理减污降碳协同增效行动，探索建设污水处理绿色低碳标杆厂。加强污水收集、处理、消毒等关键环节运行管理，提升监测能力，确保出水水质达标。推广实施“厂—网—河(湖)”一体化专业化运行维护。加快补齐农村生活污水治理短板，因地制宜，分区分类施策，推进农村生活污水治理。以整县推进为主要路径，推进实施农村生活污水治理攻坚三年行动。到2025年，基本消除城市建成区生活污水直排口和收集处理设施空白区，城市和县城污水处理能力基本满足经济社会发展需要，县城污水处理率达到95%以上，全省城市生活污水集中收集率力争达到70%以上，乡镇镇区生活污水处理设施覆盖率达到70%以上，农村生活污水治理率达60%。
生活垃圾处理方面，《方案》要求研究制定云南省生活垃圾分类管理办法，推进垃圾分类收集运输系统建设，合理布局建设收集点、收集站、中转压缩站等设施。积极争取国家县级地区生活垃圾焚烧设施试点，补齐县级地区生活垃圾焚烧短板。鼓励按照村收集、镇转运、县处理或就近处理等模式，推动设施覆盖范围向建制镇和乡村延伸。推进生活垃圾分类网点与废旧物资回收网点“两网融合”，提高可回收物资源化利用水平。协同推进农村有机生活垃圾、厕所粪污、农业生产有机废弃物资源化处理利用。到2025年，生活垃圾分类持续开展，分类系统建立健全，设施处理结构进一步优化，焚烧能力占比进一步提高，城市生活垃圾资源化利用率达到60%左右、焚烧处理能力占无害化处理能力比重达到65%左右，乡镇镇区村庄生活垃圾处理设施覆盖率达到80%以上。
此外，针对农村人居环境整治，《方案》提出，全面清理村庄陈年垃圾、沟塘河渠、畜禽粪污，全面整治私搭乱建、乱堆乱放、乱停乱摆及残垣断壁等，加强杆线序化处置，大力创建美丽庭院，健全长效管护机制。扎实开展化肥农药减量增效行动，科学调整种植结构，持续推进畜禽粪污资源化利用、农作物秸秆综合利用、农膜科学使用回收，推进农业绿色低碳发展。加快推进农村厕所革命，加快农村卫生户厕和公厕改造建设，严把质量关口，协同推进厕所粪污无害化处理与农村生活污水治理，持续推进厕所问题排查整改，深入开展农村改厕技术服务和农村公厕管护提升专项行动。到2025年，全省农村卫生厕所覆盖率由68%提高到78%左右。