小型生物制药污水处理设备的处理工艺流程可分为三部分：废水生物及物化处理部分、污泥处理部分以及沼气处理和利用部分。
    废水经厂区排水管道排入现有车间外的贮水池中，然后由泵提升至pH值调节槽，调节pH值后自流进入调节池，进行水质、水量的调节；然后由调节池内的提升泵提升至高效厌氧内循环反应池进行厌氧处理；厌氧出水自流排入一级脱氮单元，一级脱氮单元由一级反硝化池、一级硝化池和脱氮池组成；一级脱氮单元出水自流进入二级脱氮单元，二级脱氮单元由二级硝化池（膜池1）与二级反硝化池组成；二级脱氮单元出水由膜抽吸泵送入混凝反应池，采用化学法对磷和胶体性有机物进行去除，混凝反应出水经膜过滤和脱色达标排放。
    小型生物制药污水处理设备运行情况：
    高效厌氧反应对废水中有机物的去除效率较高，其出水中所含的有机物基本为不易生物降解或不可生物降解物质，用活性污泥法或生物膜法对其处理效果较差，本工艺中采用膜生物反应器（MBR）工艺，可以保持较高的污泥浓度，SRT与HRT分离，有利于在系统中截留长泥龄的特异性降解微生物，使厌氧出水中难降解有机物得以去除。
    厌氧反应对总氮及氨氮基本没有去除效果，而原水中又含有较高浓度的总氮和氨氮，因此在工艺的选择上配置了两级脱氮系统，并应用短程硝化反硝化进行高效脱氮，使得原水中的氨氮与总氮都得到有效的去除。