植物根系扫描系统的WinRHIZO软件可以读取TIFF，JPEG标准格式的图像。针对获取的图像，利用插入解密的软件，同时配合厂家针对扫描仪配置的Scanner.cal校准文件，对扫描获得的高质量根系图像进行分析。

植物根系扫描系统利用高质量图形扫描仪获取高分辨率植物根系彩色图像或黑白图像，该扫描仪在扫描面板下方和上盖中安装有专门的双光源照明系统，并且在扫面板上预留了双光源校准区域。

植物的根系是生命的源头，没有了根的植物是无法存活的，无论是生长在土壤里的，还是水生的植物，所以植物的根系对植物的生长是至关重要的，而且对农业生产和环境治理，都有非常重要的作用。分析植物的根系，可以帮助农业生产的发展和环境治理的进程。

仪器原理：

采用非统计学方法测量计算出交叉重叠部分根系长度、直径、面积、体积、根尖等基本的形态学参数;利用软件的色彩等级分析功能，还可以对根系颜色进行分析，从而进行根系存活数量、根系生长和营养状况等方面研究;利用软件的高级分析功能，还可以对完整的植物根系图像进行根系连接分析(研究根系分支角度、连通性等形态特征)、根系拓扑分析(研究根系连接数量、路径长度)和根系分级伸展分析(记录根系整体等级分布情况)。从而满足研究者针对植物根系不同类别和层次的研究。